Pembelajaran di Program Studi S3 Pendidikan Agama Islam (PAI) di UIN Bukittinggi telah dirancang dengan memegang prinsip-prinsip kunci yang menjadikannya interaktif, holistik, integratif, saintifik, kontekstual, tematik, efektif, kolaboratif, dan berpusat pada mahasiswa. Dalam lingkungan pembelajaran ini, interaktivitas menjadi landasan utama, dengan dialog dan diskusi yang mendorong pertukaran ide dan pengalaman. Pendekatan holistik dan integratif menggabungkan berbagai aspek keilmuan, sementara pendekatan saintifik menekankan observasi, penelitian, dan analisis kritis. Pembelajaran juga selalu dikaitkan dengan konteks nyata dan tema-tema yang relevan, menciptakan makna yang lebih mendalam. Selain itu, efektivitas pembelajaran dievaluasi secara berkelanjutan, dan mahasiswa didorong untuk bekerja sama dalam projek-projek kolaboratif yang mengaktifkan mereka dalam proses pembelajaran. Semua elemen ini bertujuan untuk memastikan bahwa pendidikan S3 PAI di UIN Bukittinggi benar-benar berpusat pada mahasiswa, menciptakan lingkungan yang mendukung perkembangan akademik dan profesional yang berkelanjutan.