Dalam Program Studi S3 Pendidikan Agama Islam (PAI), pendekatan berpusat pada mahasiswa menjadi kunci utama dalam pelaksanaan perkuliahan. Setiap mata kuliah dan aktivitas pembelajaran dirancang dengan berfokus pada kebutuhan, minat, dan kemampuan setiap mahasiswa. Dosen memberikan perhatian individual, memberi kesempatan mahasiswa untuk mengeksplorasi minat penelitian mereka, dan mendorong pertukaran gagasan yang mendalam dalam lingkungan yang inklusif. Diskusi, tugas penelitian, dan proyek kolaboratif menjadi sarana penting dalam pengembangan keterampilan penelitian mahasiswa, memungkinkan mereka untuk menjadi agen pembelajaran aktif dalam perjalanan akademik mereka. Dengan pendekatan ini, perkuliahan S3 PAI berfungsi sebagai wadah yang mendukung perkembangan ilmiah, pemahaman yang mendalam, dan pertumbuhan akademik mahasiswa.